Genom att du arbetar direkt mot array-variablerna, d.v.s $_GET['variabel'] o.s.v istället för $variabel, så ska det inte göra så stor skillnad på om register_globals är satt eller ej, ur säkerhetssynpunkt.
Låt dessutom bli alla omskrivningar typ
$variabel = $_POST['variabel'];
Absolut viktigast är detta när du arbetar med sessionsvariabler.
Arbetar du direkt med array-variablerna så är det heller inget problem att flytta skripten mellan servrar med register_globals satt eller ej.
Undvik dessutom att ha samma index för sessionsvariabler som för t.ex. POST- eller GET-variabler, annars kan dessa påverka sessionsvariabeln då register_globals är satt.
Själv brukar jag lägga till ett prefix i mina index för sessionsvariabler, typ $_SESSION['sess_user'], så jag kan vara säker på att det inte blir någon variabelkrock.