Jag skulle ha använt mig av ett reguljärt uttryck och funktionen preg_replace() för detta. Hur uttrycket ska se ut beror på vilka regler du har satt upp för hur användarnamnet får se ut, men det här kanske kan få dig i rätt riktning i alla fall:
$text = 'Vad ska du göra ikväll @Asa_80? Jag tänkte se på tv.'; // Hämta detta från databasen
$text = preg_replace('/@(\w+)/', '<a href="message.php?to=$1">@$1</a>', $text);
echo $text;
Jag tycker inte att du ska göra det när du sparar till databasen, gör det istället när du hämtar ut data från databasen. Om du någon gång i framtiden vill ändra sökvägen till filen som skickar meddelanden så behöver du då bara ändra i din kod, och slipper sitta och ändra hela din databas.
Läs mer om reguljära uttryck och preg_replace() i manualen:
http://php.net/manual/en/book.pcre.php
http://php.net/manual/en/function.preg-replace.php