Problem med replace och uppdatera text

För de som läst http://www.webforum.nu/showthread.php?p=1512002&accept=yes vet ung vad jag sysslar me.
JAg har en ganska stor textfil och skall i de göra lite replace.

//för att hitta rätt encode
public static Encoding GetFileEncoding(string srcFile)
        {
            Encoding enc = Encoding.Default;
            byte[] buffer = new byte[5];
            FileStream file = new FileStream(srcFile, FileMode.Open);
            file.Read(buffer, 0, 5);
            file.Close();
            if (buffer[0] == 0xef && buffer[1] == 0xbb && buffer[2] == 0xbf)
                enc = Encoding.UTF8;
            else if (buffer[0] == 0xff && buffer[1] == 0xfe)
            {
                //enc = Encoding.Unicode;
                enc = Encoding.BigEndianUnicode;
            }
            else if (buffer[0] == 0 && buffer[1] == 0 && buffer[2] == 0xfe && buffer[3] == 0xff)
                enc = Encoding.UTF32;
            else if (buffer[0] == 0x2b && buffer[1] == 0x2f && buffer[2] == 0x76)
                enc = Encoding.UTF7;
            return enc;

        }
//sen i replacen
static public void ReplaceInFile(string filePath, string searchText, string replaceText)
        {
            Encoding enc = Tools.GetFileEncoding(filePath);
            StreamReader reader = new StreamReader(filePath, enc);
            string content = reader.ReadToEnd();
            reader.Close();
            content = Regex.Replace(content, searchText, replaceText);
            StreamWriter writer = new StreamWriter(filePath,false,enc);
            writer.Write(content);
            writer.Close();
        }

Detta är ju inga större konstigheter, men om jag lägger till en "(någonting)" i
searchText eller en radbrytning"\n\n" då uppdateras texten men det går inte
att göra någon annan uppdatering.
(jag hadde reader.flush med tidigare men då växte bara filen).
Hur skall jag göra för att kunna få med parenteser, radbrytningar och ändå
kunna uppdatera? :stud