hmm, detta är en vild chansning, men kan det ha något med om man väljer publicera webbapplikationen eller om man bara tar mappen med utvecklingsfiler och lägger upp?
Det är inget konstigt. En kontroll namnges alltid med sig eget namn plus den eventuella namingcontainer (t.ex. en repeater) som den ligger i. Om den får behålla sitt namn så ligger den alltså inte i någon namingcontainer. "ctl00" kommer oftast från en MasterPage.
Om du exempelvis genererar ett javascript så ska du av den anledningen använda kontrollnamn.ClientID för att få kontrollens verkliga id... kan vara bra att känna till!