Det du skulle kunna göra är att skapa en genväg till programmet att schemalägga körning för genvägen. I genvägens egenskaper väljer du att köra programmet minimerat. Det döljet inte programmet, men det är ien bit på vägen.
Eller menar du att fönstret inte stängs när programmet har kört färdigt, så att du får en massa inaktiva fönster efter ett par timmar?