Om "iframens state" går att styra med en URL-parameter, borde du kunna fixa det med lite Javascript...
typ
<a href="ovansidan.html?iframestate=1236812" target=_top">klicketiklick</a>
med Javascriptkod i "ovansidan.html" som tar emot URL-parametern och lägger till den i din <iframe src="...">-tagg...
På så sätt laddas visserligen <iframe>n om via ovansidan, men den sida som ligger i iframen kan ställa in sitt "state" tack vare URL-parametern...
Kolla på http://jojoxx.net - dät finns alla snuttar du behöver för en sådan lösning.
Om iframen inte får rörsa blir det klurigare... Du kan visserligen "skrapa in" innehåll från sidan du vill lägga i "sidan med iframen" och peta dit den med Javascript... Men det blir rätt grötigt och jag tycker det känns som om du är på rätt spår när du klurar på att använda vanliga frames istället ;)
Lycka till!