XML är väl det vanligaste och mest universala sättet att både hålla innehåll och för att definera variabler för att tex bestämma färger på gränssnittet.
Du kan även använda databaser, textfiler eller inkludera .as filer.
Då det gäller .as filer finns det två sätt att använda dem.
Dels kan du göra en vanlig include för att helt enkelt ladda in koden och köra den som normalt:
#include "mittScript.as"
Att föredra för att göra skalbara applikationer är dock att använda sig av klasser.
Det gör att du kan relatera olika delar av appliaktionen med varandra med hjälp av extends och implements och gör det lätt att ha flera applikationer dela på samma funktioner.
De har också en striktare syntax kontroll och fungerar att använda med tex MTASC för att kompilera in i en swf fil.
De heter också .as men includeras inte, utan kan länkas i library, refereras till direkt eller importeras.
Jag skulle helt klart rekommendera att lära dig att använda klasser.
För att ta reda mer om verktyg är https://www.osflash.org en mycket bra resurs.
Framför allt är det värt att kolla in MTASC och SwfMill tillsammans med en bra editor med AS stöd som tex SciTE, Sephy eller Eclipse.
SwfMill gör at du kan definera ett library med ett XML baserat markup språk som du sedan kan sätta i bruk med hjälp av dina klasser.
Om man huvudsakligen jobbar med kod så är en bättre editor än den som finns i FLash nästan ett måste och de jag nämnde kan integreras med MTASC så du kan kompilera direkt från din editor och aldrig behöver röra Flash IDE.