Om det är ett program du har källkoden till så kan du själv skriva om det till en service. Hur lätt/svårt/omöjligt det är beror på vilken miljö/språk det är skrivet i.
Om du inte har tillgång till koden så finns det färdiga services som kan "wrappa" din exe-fil. (Eller så kan du skriva en egen wrapper.)
Det är ett program redan som jag inte har källkod till.
Ja, då är det inte så mycket att be för. Använd en wrapper. Firedaemon är en. En annan som jag själv brukar använda heter srvany.exe och finns lite varstans.
En ytterligare möjlighet är att skriva en egen service i .NET som startar och stoppar den andra exe:n.