Det gör dina filer till flv (flashvideo). Sen får du göra en spelare som kan spela upp filmen.
Det finns även ett GUI till det: http://code.google.com/p/winff/
Även en VB.NET wrapper finns här: http://www.codeproject.com/KB/aspnet/Any_Video_to_FLV.aspx
För C# har det funnits en här: http://www.calistomind.com/2008/03/12/how-to-manipulate-video-in-net-using-ffmpeg/
men den verkar vara nere just nu. Kanske permanent, vad vet jag
Du bör tänka på att om du ska sköta sånt här själv är att du vill ha olika versioner beroende på besökarens bandbredd. Ganska avancerade grejer om man ska göra det riktigt bra.