Utan att vara speciellt insatt, så tror jag nog inte det är ett stort problem när det gäller moderna filsystem. Det var framför allt FAT som hade det problemet eftersom det ökade blockstorleken på större diskar (och därmed gick en massa disk förlorad).
De filsystem som finns för linux ökar inte blockstorleken bara för att disken är större (vad jag vet i.a.f.) och därmed förlorar du inte mer utrymme, proportionellt sett, på en stor disk än på en mindre.
Linux har ett antal filsystem, ex. ext2, ext3 och reiser.
Alla dessa klarar stora diskar utan att öka blockstorleken, dom (i princip, jag vet) ökar i stället tabellen som håller koll på blocken om antalet överstiger vad tabellen klarar av.
Däremot kan det vara trevligt att köra ett journaliserande filsystem (ext3 eller reiser), eftersom det är betydligt säkrare om maskinen crashar och kontrollen av filsystemet efter en crash går betydligt snabbare (några sekunder jämfört med någon timme för riktigt stora diskar).
Oki,
Jag har dock testat 4.2BSD , OpenBSD:s filsystem, där tappade jag utrymme beroende på hur stor partitionen var.
Men ska testa med FreeBSD , kolla hur det funkar.. =)