Märkligt nog verkar det inte finnas någon kryssruta. Det ser ut som om du är tvungen att trixa lite. Se här:
http://kb.mozillazine.org/Delete_a_message_without_opening_another_message
****Tillägg*****
Delete-extention var inte självklar
https://addons.mozilla.org/en-US/thunderbird/addon/106
ladda ner och gå till
Verktyg->tillägg->installera->Bläddra till den nerladdade filen
Låt thunderbird starta om
Öppna ett mejl
högerklicka någonstans i menyerna->anpassa
Släpa den nya Delete-knappen till mejlets verktygsfält (knappen ser precis likadan ut). Nu kan du i alla fall använda musen för att få det delete-beteende du vill ha.
Om du använder tangentbordets Delete-knapp så beter den sig som vanligt.