Det är alltså en applikation du inte själv skrivit antar jag. (Annars kan du ju alltid kompilera om den till att inte vara konsol-baserad.)
En ganska enkel och "ful" lösning som brukar fungera är att wrappa applikationen i en NT-service och se till att servicen inte är markerad som: "Allow service to interact with desktop". Då kommer den inte att synas.
Här finns ett kit för att köra en godtycklig applikation som en NT-service: http://www.geocities.com/SiliconValley/Pines/3991/srvany.zip.
red: Det är nåt skumt med länken. Lägg till ett blankslag på slutet och tryck "return" så startar nedladdningen.
Sen beror det ju på exakt vad applikationen gör. Vissa appar kanske inte gillar att köras "osynligt" (och slutar att fungera).