Motorn i MSDE är densamma som i SQL server, men man har infört begränsningar i MSDE. MSDE stöder bara upp till 2 processorer, maximal databasstorlek är 2 GB (du kan dock ha flera databaser på samma server), max 5 parallella frågor kan köras (vilket jag antar ofta räcker för mindre applikationer, men om man har queries som tar lång tid att köra kanske det blir problem).
http://www.microsoft.com/sql/techinfo/development/2000/msde2000.asp
http://www.msde.biz
http://databasejournal.com/features/mssql/article.php/1442291