Det beror på att eclipse använder en annan character-encoding än den du använt på dina andra filer. Du kan ändra character-encoding här:
Window\Preferences\
I boxen "type filter here" skriver du encoding och trycker på enter. Där ska du kunna ändra encoding från default till den du använt på andra dokument. Testa dig fram tills det ser bra ut om du inte vet vilken du använt tidigare.