Hmm.. Hur menar du?
Om du har ett konto på servern och kan logga in med telnet så raderar du filer precis som du gör om du fysiskt satt vid datorn, på en *nix-burk:
[root@server htdocs]# rm .htaccess
rm: remove `.htaccess'? y
Du måste självklart ha skrivrättigheter för .htaccess för att få ta bort den.