Det enda jag kan anta är att rättigheterna har blivit felaktigt inställda efter att jag omregistrerade IIS i registret.
Jag har under Säkerhetsfliken i explorer för wwwroot två "Okänt konto" i listan över Grupp- eller användarnamn. Det ena kan jag gissa ska vara ASP.NET kontot, men det andra vet i tusan vad det kan vara för något.
"Okänt konto" (Den visar bara SIDen, eller? Det gör den iallafall i Windows 2000 är sånt händer) innebär väl att explicita rättigheter är satta på mappen för ett konto som sedan är borttaget?
Har du testat att nollställa rättigheterna i webbroten och rekursivt neråt, och sedan sätta upp dem igen? Det kan ju hända att kontot för ASP.NET (och IUSR_X?) har nollställts/omskapats samtidigt som omregistreringen av IIS-paketet i COM+. Men det är bara en kvalificerad (?) gissning. :)