Det är väl lite upp till var och en. Peronligen skulle jag se att Preferences och Properties används för att visa inställningar för ett specifikt objekt. Options och Settings är mer generella och gäller kanske för en helhet eller en hel applikation.
Bra fråga. Vi börjar med att översätta.
Options = Alternativ
Settings = Inställningar
Preferences = Föredraganden
Properties = Egenskaper
Inställningar bör användas för att samla alla inställningar i ett visst program. Egenskaper bör användas för att visa (och ändra) information om ett visst objekt. Alternativ bör användas när det finns olika val att välja mellan, t.ex. de som finns under textrutan där du skriver ett inlägg. Föredraganden behöver inte användas men bör användas istället för inställningar om det används.