Det sätt jag namnger mina filer på beror på hur jag använder dem. Jag brukar använda templates, XML-filer, inkluderings-bibliotek samt rena PHP-dokument i mina projekt.
Templatefilerna placerar jag i en mapp, med namn som t.ex. Template.Main.tpl. XML-filerna ( Som jag nästan alltid använder som konfigureringsfiler ) som t.ex. Config.Db.xml. Inkluderingsbiblioteken ( PHP-dokument med funktioner, klasser, m.m. ) till Include.Classes.php. PHP-dokumenten låter jag ha vanliga namn som t.ex. Start.php, Forum.php, osv.
Jag vet inte om det var ett sånt svar du väntade dig, du får hojta annars. 
Har nog samma principer ungefär i namngivningen, har dock krånglat till det lite för mig eftersom jag har ändrat namngivningsreglerna allt eftersom