Hur använder jag detta script i mitt MVC project?

Försöker integrera Fineuploader https://github.com/FineUploader/server-examples/tree/master/php/traditional i mitt projekt där handler.php och endpoint.php är väsentliga filer.

på sidan anropar man endpoint.php med javascript

    <script>
    // Wait until the DOM is 'ready'
    $(document).ready(function () {
        $("#fine-uploader").fineUploader({
            debug: true,
            request: {
                endpoint: 'endpoint.php'
            },
            deleteFile: {
                enabled: true,
                endpoint: 'endpoint.php'
            },
            retry: {
               enableAuto: true
            }
        });
    });
    </script>

När jag gjorde detta på en enskild sida dvs, javascriptet i en index.php och de andra två filerna i samma mapp fungerar det bra. Har dock en MVC struktur i mitt project och den klagar på att jag inte har någon controller?

Ska handler.php och endpoint.php flyttas till modellen eller controllern? Tips på hur det kan se ut?