Jag har också haft liknande problem och startade denna tråd: http://www.webforum.nu/showthread.php?t=162292
Vet inte om jag blev så mycket klokare, men kanske är samma problem som du fått.
Trådstart#1
Allt var frid och fröjd med menyn och sidfoten jag hade, tills jag bestämde mig för att lägga dem i en inclulde-sträng (eller vad det kallas, php är inte min starka sida). Då uppenbarade sig plötsligt ett antal skumma tecken...

Jag har plockat includestycket från en annan sida, som fungerar utan problem men här är det uppenbarligen något som går fel. Så här ser kodstycket ut:
<div id="menubar"><?php include('include_menu.php');?></div>
Jag kan dock inte riktigt se var det hela havererar någonstans.
Edit: länk till sidan borttagen, bara tillfällig plats ändå.