hittade en kompilerad version av ffmpeg, vet inte hur gammal den är dock 
körde denna kod på den:
<?php
exec("C:\\Server\\Webb\\Program\\ffmpeg\\bin\\ffmpeg.exe -i C:\\Server\\Webb\\Program\\test1.wmv -ar 22050 -ab 32 -f flv -s 352x288 -aspect 4:3 -y C:\\Server\\Webb\\Program\\test.flv");
?>
Blev ju en flv fil iaf De första 3-4 sekunderna verkar dock bli svart, blinkar till nån millisekund från början sedan svart och sedan startar filmen efter 5-6 sek.
Bara om man kunde få igång ffmpeg-php också på windows + php5.2...