Rent instinktivt, och väldigt generalliserat (beror mycket på hur applikationen ser ut, så det är inte ens säkert att det rent generellt går att säga att den ena är snabbare än den andra) svarar jag MySQL. Har inga siffror att backa upp det med dock. Men MySQL är optimerad för att vara just snabb, och MySQL-stödet i PHP är något som det lagts ner mycket arbete på (skall du ansluta mot MS SQL måste du gå via ODBC - när det gäller MySQL arbetar PHP direkt mot MySQL API).
MySQL saknar å andra sidan en del funktioner som finns i MS SQL.