Det beror på vad du vill göra samt vilken webbserver och plattform som används.
En del saker går att ändra per fil med ini_set och andra kräver system.
Se http://se2.php.net/manual/en/ini.php#ini.list för komplett lista
register_globals exempelvis går inte att ändra i ett php-skript men kan ändras per mapp beroende på vilken webbserver som används. Har man Apache kan du lägga olika värden i en .htaccess som t.ex.
php_value register_globals 1
och gäller då mappen samt undermappar.
Nu gällde kanske frågan hela ini-filen men normalt delar man många inställningar och sedan ändrar man per skript (begränsad användning) eller med .htaccess som i exemplet.