Kolla så att du tankade ned rätt version av XFree86 (det fanns 2 olika till Linux såg jag). Sen kan du ju alltid testa att installera det på nytt och får du fortfarande fel är ju loggen ett bra ställe att kika på för att hitta eventuella fel.
Förresten, du skapade väl en ny XFree86Config - fil och laddade upp den med nya inställningar genom XFree86Config?