Du bör i din hemkatalog ha en fil med namnet .Xdefaults (har du inte det så kan du skapa en textfil med det namnet).
I min har jag följande rad (bl.a.):
emacs.geometry: 110x35
Gör att emacs-fönstret får just den storleken.
Skall även gå att använda en fil med namnet .Xresources, men lösningen ovan fungerar för mig så jag har inte provat några andra.
Står mer om detta i manualsidan för emacs har jag för mig.