Vad jag har hört har de inte ändrat JScript eller DOM alls, mer än att lägga till XMLHttpRequest som ett inbyggt objekt istället för via ActiveX. Däremot triggas hasLayout lite annorlunda mot i IE6 och kan därför ha indirekt påverkan på skript (tex om man mäter offsetTop).
Ja, sen har de förstås ändrat User-Agent, vilket påverkar skript som sniffar. :)