Inkludera javascript eller inte?

Vad är det för skillnad på att

1.
två filer: index.html, javascript.js

i index.html:
<script language="javascript" type="tex/javascript" src="javascript.js"></script>

2.
en fil: index.html

i index.html
<script language="javascript" type="tex/javascript">
mitt script här
</script>

För när ja kör på typ nummer 1, som är snyggare för källkoden, så fungerar inte Pop-ups i vissa IE-versioner och inte i Opera. Fungerar dock i min IE och i Mozilla (har ja för mig)