Är chatten skriven i Java/ActiveX så kan du fixa det direkt i appleten/kontrollen - är det en server-side chat ( ASP, PHP, osv ) så kan du ju alltid sätta ett ankare på sista meddelandet och uppdatera mot det.
Vad skriver du chatten i? Det låter som server-side, och uppdaterar du varannan sekund så suger du verkligen prestanda från servern - det bästa är att leta efter ett annat alternativ.