Vart man installerar Java ska inte spela någon roll och man ska få få möjlighet att välja vart det ska hamna. :)
Om du inte har extremt viktiga saker som fungerar med den java-version du har nu(tex om du har program installerade) är att:
Gå in på kontrollpanelen, välj lägg till/ta bort program och så avinstallerar du java. Efter det startar du om burken, när det skett går du in på adressen jag länkade till och försök installera igen. Normalt sett ska man inte behöva starta om men det verkar som om nåt är knas nu. Installationen brukar det inte vara några problem med så jag vet inte riktigt varför det bara blinkar till för dig, har du testat att söka på google efter folk med liknande fel?