Det spelar ingen roll om du använder Pure Java eller JSP, syntaxen och vad som krävs är ändå detsamma för allt Java-gjuck. 
Det du behöver är drivrutner för MySQL, som du kan söka efter här. Den mest använda är MM.MySQL, vilken jag rekommenderar. Det är allt. Information om hur du kopplar mot MySQL från Java hittar du här i forumet ( Sök! 
) om du inte redan vet hur man gör.