Jag har inte så stor erfarenhet av JBuilder då jag främst kör VisualAge men jag har svårt att tro att den kan hjälpa dig att producera exe-filer.
Själva idén med Java är ju att programmen skall vara plattformsoberoende, det finns iofs sätt att kompilera om class-filer till plattformsberoende exe-filer men det är inget att rekommendera, kör då hellre C++ eller liknande.
Kolla på Excelsior Jet om du ändå vill översätta Javaprogram till Wintel-native.