Det enklaste sättet (och ofta också det bästa sättet) är att göra en körbar jar. När du gjort det kan du antingen starta den från kommandoraden med java -jar dinfil.jar, och i exempelvis Windows skapas även en filassociation som kör det automatiskt när man dubbelklickar på den. Kolla närmare på följande sidor:
http://java.sun.com/docs/books/tutorial/deployment/jar/basicsindex.html
http://java.sun.com/docs/books/tutorial/deployment/jar/run.html
http://java.sun.com/docs/books/tutorial/deployment/jar/appman.html
Det går att göra exe-filer också, men det är krångligare och icke-standard, samt inte plattformsoberoende.