sätt border=1 på den stora tabellen så tror i alla fall jag att den vänstra kolumnen är den som skapar utrymmet.
Att sätta en rowspan=2 på lämpligt ställe tror jag skulle kunna lösa detta. Samtidigt så har jag faktiskt inte tittat på koden .. ;)
Utan att ha studerat koden så noga, gissar jag på att du har två stycken celler på samma rad: Menyn till vänster, samt själva innehållet i mitten/höger. Dessa celler kommer att ha samma höjd oavsett hur lite innehåll det finns i den ena. Så i och med att du gjort den vänstra cellen så pass hög, kommer den högra att sträcka sig lika "långt ned".
En lösning skulle kunna vara att du i den högra cellen skapar en tabell i vilken du sedan lägger all information i: