Jag har haft ett liknande problem..
Löste det så att jag använde en bakgrundsbild i body istället som jag bara repeterade repeat-y left, fungerade mycket bättre. :)
Hittade en tutorial som jag inte själv hinner titta igenom, men vad jag kunde se vid en snabb genomgång så fyller han en hel sida en bit ner i beskrivningen.
Anledningen till att bakgrunden tar upp hela skärmen på sidan du länkar till är att det är så mycket text att texten "puttar ut" bakgrunden hela vägen ner.
Tar man bort en del av texten så att den bara tar upp halva fönstret så sträcker sig även backgrunden över halva fönstret.
Hmm....
Det kluriga du slåss med är att även absolutpositionerade block ("layers") alltid (trots namnet!) är positionerade i förhållande till koordinaterna för sina "containing blocks" enligt CSS2...
I ditt fall hamnar din positionering relativt till dokumentets rotelement (body)...
Vilket gör att det du anger till 100% bör vara höjden på rotelementets "containing block", dvs höjden på webbläsarens "Viewport"... Vilket (om min tolkning av specen är rätt) skulle förklara beteendet i Mozilla/NN6...
Exakt varför det skiljer mellan Moz/NN och MSIE har jag dock inte lyckats klura ut, men om du provar att fylla ut din sida med en div till som "flödar ut innehåll över nederkanten" så ser du att du inte får 100% av innehållets höjd i MSIE6 heller... (det verkar som om MSIE6 "mekar till" ett containing block för ditt lager efter storleken på dess innehåll...)
Jag har för mig att jag sett en workaround på nätet nånstans...
Lägger in det i bakhuvudet och återkommer om jag hittar en länk eller ett exempel som funkar...
Red: Tagit bort mitt länktips, som visade sig vara en dublett (se nedan :e )