Egentligen är det ingen skillnad. Html, css, javascript osv ska funka lika bra i moderna mobilbrowsers som i vanliga browsers.
Men eftersom mobiler har en mängd olika upplösningar (inte minst om man vill kolla en sajt på höjden eller bredden) och olika mobiloperativ hanterar webbplatser olika beträffande t.ex. zoom (det finns ännu ingen genomgående standard), så beror det mycket på hur väl anpassad man vill ha sin webbplats.
Ska den funka OK på iPhone och Android plus alla andra operativ (även lite äldre) också, och ha finesser (typ jquery som du nämner, eller avancerad css) som ska funka lika bra överallt, så kan det bli ett ganska omfattande pyssel och testande och notan kan springa iväg en hel del och bli avsevärt dyrare än en vanlig webbplats.
Därför brukar man än så länge försöka hålla mobilversioner så enkla som möjligt.