Hmm...
Omöjligt att säga utan att se din kompletta kod levererad från din server (och som du säger förmodligen svårt även då).
Låter som om du skulle kunna ha problem med timing vid inläsningen av olika, externa, script dokument - något som kan liknas med det som i gamla tider kallades "racing" mellan processer.
Du har inte möjligen något eller några scripts på sidan som använder document.write för att skjuta in taggar samtidigt som sidan laddas - dvs något script som modifierar koden "direkt" utan att det knutits till något event som t.ex. <body onload ... >)?