Jag är inte säker på att IE6 fattar positioneringen (center 50%). Prova med t.ex. top left och se om det funkar. Om det gör det, så har du i alla fall isolerat felet.
En annan sak kan vara att man ofta lägger in alla parametrar i ett enda "command" så här:
background:#000 url(../images/body-bg.gif) repeat-y center 50%;
Prova det istf alla de där olika parametrarna du har så att stilen blir:
BODY {
FONT: 12px "Trebuchet MS", Verdana, sans-serif;
COLOR: #fff;
background:#000 url(../images/body-bg.gif) repeat-y center 50%;
}