Den största skillnaden är att när du använder text/html så tolkar webbläsaren det som HTML, medan när du använder application/xhtml+xml så tolkar webbläsaren det som XML.
Det innebär att reglerna för XML gäller, och om ett dokument inte är välformat så får man ett felmeddelande istället för att webbläsaren försöker gissa sig till vad som menades.
Det som kan bli lite jobbigt är om man har gammalmodiga JavaScript manipulerar DOMen via strängar, vilket inte funkar så bra i XML. Man får istället använda DOM-metoder, helst sånna som är medvetna om namnrymder, tex createElementNS().
Du måste använda ett serverskirptspråk eller konfigurera servern för att kunna servera innehållet som XML. Eller så skulle du kunna byta filändelse till .xht eller .xhtml om servern känner igen de filändelserna. 