Försöker du skapa en cookie genom JavaScript? I så fall finns det ingen inbyggd setCookie-funktion, utan du skapar cookies genom att lägga till dem till document.cookie.
Hur som helst får du placera script-element i head-elementet, så jag ser ingen anledning till varför det inte skulle gå att sätta cookies därifrån.
Visserligen får du även placera script-element i frameset-elementet, men då endast som en del av noframes-elementet, och det ser jag ingen mening med att göra.
Som alltid underlättar det om du visar kod.