Sitter faktiskt med det här just nu och försöker få ut 3D animeringar till flash.
Quicktime med Animation komprimering så har du möjlighet att spara med 'miljoner färger+' och + där betyder att koda in alpha kanalen i filmen...
Jag har dock märkte att 3DsMax buggar lite där så det funkade inte för mig...
Däremot så renderade jag ut en targa sekvens istället, la in dem i Adobe Premiere och kunde då rendera ut en quicktime/animation/millions+ med lyckat resultat.
När jag sen importerar i flash så har jag fått det att funka mycket bra...
hoppas det var till hjälp
för tillfället har jag bara jobbat med swf där .mov är embeddat, har inte hunnit till flv:n ännu men det borde väl funka det med?