Det beror på att din app inte svarar på Windowsmeddelandena: WM_QUERYENDSESSION eller WM_ENDSESSION.
Du kan angripa det från två håll: Antingen ser du till att din app hanterar dessa meddelanden och själv stänger ner eller så ser du till att Windows stänger ner den iaf.
Det sista gör du genom att sätta HCKU\Control Panel\Desktop\AutoEndTasks till 1 i registret, fast det påverkar alla program.