Antingen så kan du bygga hela din app på windows inloggning och skydda dina filer via NTFS.
Eller så gör du så att du aldrig lägger ut filerna i sig på webben utan att du streamar ut dem från ett icke webbdelat biblotek. Din kod styr då rättigheter till vem som kan komma åt dem.
Eller så kan du lägga dina filer i en data bas och streama ut dem till rätt sida.