Ja, det är en viss skillnad. Så länge du håller dig till en klass/fil så är det ingen skillnad och jag tror majoriteten av C#-användarna sätter sina using utanför namespace-blocket.
Samtidigt kan jag ju ge lite "reklam" för Joel Spolskys och Jeff Atwoods lilla sidoprojekt som jag följt sen i våras och som funnits som public beta ett tag nu: http://www.stackoverflow.com
En sida enbart för programmeringsrealterade frågor som är en typ av hybrid mellan bland annat en Wiki och ett diskussionsforum. Det är väldigt många användare och det blir oftast väldigt bra svar.
Jag sökte t.ex. på "namespace using inside" för din fråga och första träffen var: http://stackoverflow.com/questions/125319/should-usings-be-inside-or-outside-the-namespace
:)