Jag tittade på något liknande för ett tag sedan när jag försökt göra en bildigenkänningsmotor 
Och jag har för mig att det inte finns något direkt i C# utan du måste använda dig av winApi för att göra en skärmdump av skärmen och sedan läsa in det som en bild till GDI och därefter så kan du kontrollera vilken färg en given pixel har.
Tyvärr har jag inte kvar koden så jag kan inte hjälpa dig mer, men ut på nätet och sök efter screendump C# och API så hittar du nog något...
- M