Du kan med javascript kontrollera om det redan finns ett fönster som heter samma sak som det du har tänkt att öppna.
Men eftersom refresh innebär just refresh (kör samma sak igen) så är det inte konstigt att det körs igen. Vad du däremot kan göra är att bygga en httphandler som lyssnar på om det är en likadan request som inom x minuter, i så fall kan du sätta en specialflagga (refresh) eller liknande och då välja att inte visa popupen.