Skillnaden är att MasterPages ÄR en Web User Control, men en Web User Control används för mer än MasterPages.
MasterPages är ett sätt att kunna använda mallar till sina sidor. En MasterPage är alltså en Web User Control som innehåller layout för själva sidan samt PlaceHolders på de platser i layouten som skall innehålla olika saker beroende på vilken sida man är på.
Själva konceptet MasterPages kommer inte "på riktigt" förrän i 2.0 men har ändå funnits rätt länge i ASP.NET så det går att använda det redan idag. Det började med ett demo från Microsoft för ett antal år sedan och sedan har flera utvecklare tagit fram fungerande versioner av MasterPages. Bl.a. Paul Wilson som jag har skrivit om i en annan tråd, http://www.webforum.nu/showthread.php?s=&forumid=191&threadid=108985
Där kan du läsa mer om MasterPages och hur du gör för att använda det redan idag.