Ja, du borde kunna använda <location> och där lägga olika <authentication>. Dock så måste nog isf. varje mapp köras som en "Application" i IIS.en.
typ:
<location path="FOLDER">
<system.web>
<authentication mode="Forms">
<forms name="my_new_folder" loginUrl="LoginNew.aspx" />
</authentication>
<authorization>
<allow roles="Role1,Role2" />
<deny users="?" />
</authorization>
</system.web>
</location>