Kontrollera att alla bilder i dokumentet verkligen är CMYK (gör en Preflight för att kontrollera detta).
Sedan när du exporterar till PDF så ska du kontrollera vilket val du gör för PDF-filen, finns alla möjliga inställningar och även några förinställda (Skärm, Tryck etc). Där kanske du kan hitta nått.
Dessutom ska du ha i åtanke att en skärm visar tyvärr inte rätt färger hur mycket man än jävlas med allting men om du ställer in grejerna rätt vid exporten så "är" det rätt färger och ev. tryck kan fungera. :)
Nån kan/vet detta säkert bättre än mig, men det är ju alltid ett sätt att börja på :D