"Using temporary" innebär att det skapas en temporärtabell för att skyffla och sortera data i den ordningen du önskar, på grund av en komplex sql-fråga.
"using filesort" är en extra läsning av posterna i alla joinade tabeller för att de ska kunna sorteras korrekt.
Kort sagt är detta "inte bra", utan kan (förhoppningsvis) optimeras.
Läs mer på http://www.mysql.com/doc/en/EXPLAIN.html