Det är inga problem att lägga till index i efterhand.
Det du skall tänka på är vilka kolumner som används i sökning, vilka kolumner används vid join vilka används till sortering.
Vissa kolumner är det ingen ide att indexera, t.ex. om du har villkor
where aleb like '%magdur%'
så tjänar du inget på att indexera kolumnen aleb.
Nackdelar: Index tar diskutrymme och innebär att uppdateringar tar marginellt mer tid i vissa fall. Det kan även vara så att update/delete blir snabbare med ett index.
Det låter vettigt att indexera namn. Det beror i och för sig på hur dina primärnycklar är definierade.
Om man använder ett villkor som like '%magdur%' så måste Mysql i alla fall läsa igenom alla poster för att hitta de som uppfyller villkoret och då är det bättre att läsa hela tabellen.